Иван Проханов родился в 1869 году во Владикавказе. Родители Проханова были молоканами, жили в Саратовской губернии. В 1862 году отец, Степан Антонович Проханов, вместе с женой переехал во Владикавказ, спасаясь от религиозных преследований. Впоследствии, когда у Прохановых появились сыновья, бабушка рассказывала им о том, как их преследовали за молоканскую веру, как арестовывали и сажали в тюрьму.
Степан Антонович, уже будучи во Владикавказе, быстро добился хорошего положения, приобрел мельницу, пекарню, большой участок земли, а позже стал членом городского совета. Вместе с другими молоканами он присоединился к баптистам, а позднее стал пресвитером местной церкви во Владикавказе.